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脈沖場(chǎng)凝膠電泳是近年發(fā)展起來(lái)的分離效果較好的DNA分離方法，可以有效分離50kb甚至10Mb的DNA大片段。因此脈沖電泳儀已經(jīng)成為DNA分離的主要儀器。脈沖電泳儀的使用條件對(duì)DNA分離速度與效果有很大影響，主要包括以下幾點(diǎn)：
1.電泳緩沖液
在脈沖電泳時(shí)常使用的電泳緩沖液有三種，不同緩沖液的離子強(qiáng)度不同，電泳速度也不同。
2.瓊脂糖種類(lèi)及濃度
瓊脂糖種類(lèi)對(duì)脈沖場(chǎng)電泳雖然影響不是甚大,但也有一定程度影響。低電滲(EEO)的瓊脂糖使電泳速度加快。有條件的情況下，使用超純瓊脂糖可產(chǎn)生較好的分離效果。凝膠的濃度太低，使泳動(dòng)速度加快，不利于較小或中等長(zhǎng)度DNA片段的分離。膠的濃度太大，則影響大分子DNA的分離。因此要根據(jù)具體情況，選用不同濃度的膠。在一-般情況下，常采用的凝膠濃度為1～1.4%。
3.電壓
6～10伏特/cm的電壓梯度?？墒箮资甼b到1000kb的DNA片段得到有效分離。如果想分離更長(zhǎng)的DNA片段，則應(yīng)適當(dāng)降低電壓梯度。
4.變換電場(chǎng)方向的時(shí)間間隔
開(kāi)關(guān)(即變換電場(chǎng)方向)的時(shí)間間隔對(duì)電泳效果影響較大。DNA在泳動(dòng)過(guò)程中再定向所需的時(shí)間和DNA的大小呈正相關(guān)，因此較大的DNA分子需要較長(zhǎng)的開(kāi)關(guān)時(shí)間間隔。在確定了開(kāi)關(guān)時(shí)間間隔的情況下，小于一定尺寸的DNA分子能夠隨著電場(chǎng)方向的變化再定向并在新電場(chǎng)影響下泳動(dòng)，而大于一定尺寸的DNA分子在再定向尚未完成時(shí)便發(fā)生了開(kāi)關(guān)的再次變化，因此不能泳動(dòng)和得到有效分離。
5.溫度
電泳時(shí)通過(guò)循環(huán)裝置使緩沖液保持恒定是重要的。溫度的高低對(duì)電泳速度也有重要影響。
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